【OpenBioMed大模型适配】OpenBioMed在寒武纪MLU370板卡上的试用 fengyunkai2023-09-05 16:50:02 回复 1 查看 经验交流

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OpenBioMed是一个生物医学的Python深度学习工具包。OpenBioMed提供了多模态生物医学数据的处理接口，包括小分子、蛋白质和单细胞的分子结构、转录组学、知识图谱和生物医学文本数据。OpenBioMed支持广泛的下游应用，包括AI药物发现任务和更具挑战性的多模态理解生成任务。

MLU repo:

https://github.com/huismiling/OpenBioMed.git branch: mlu-dev

https://github.com/huismiling/pytorch_geometric.git branch: mlu-dev

环境配置

docker： yellow.hub.cambricon.com/pytorch/pytorch:v1.15.0-torch1.9-ubuntu18.04-py37

python 3.7.8

pytorch 1.9

torch_mlu 1.15.0-torch1.9

pip install -r requirements.txt

# pip install pyg_lib torch_scatter torch_sparse torch_cluster torch_spline_conv -f https://data.pyg.org/whl/torch-1.9.0+cpu.html

# pyg_lib 不可用，不使用torch_sparse

pip install torch_scatter torch_cluster torch_spline_conv -f https://data.pyg.org/whl/torch-1.9.0+cpu.html

# pip install torch-geometric

pip install git+https://github.com/huismiling/pytorch_geometric.git@mlu-dev

# 如果您在安装上述包时遇到问题，请参阅https://pytorch.org/get-started/locally/和https://github.com/pyg-team/pytorch_geometric。您也可以考虑从https://data.pyg.org/whl/来下载PyTorch Geometric及其依赖。

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